Las proteínas llevan a cabo la mayoría de las tareas moleculares de la vida tal y como la conocemos, incluida la catálisis del gran número de reacciones bioquímicas que sustentan la vida mediante enzimas proteicas. Las proteínas modernas han sido ampliamente estudiadas, por supuesto, pero son el resultado de unos 4.000 millones de años de evolución en la Tierra. Por lo tanto, las proteínas modernas están en muchos casos altamente especializadas para las tareas moleculares en los organismos existentes (es decir, contemporáneos) y sus propiedades reflejan adaptaciones a los entornos intra y extracelulares modernos. Sin duda, estos entornos modernos difieren de los que acogieron a las proteínas ancestrales y, además, parece plausible que las proteínas más antiguas no estuvieran tan altamente especializadas como las modernas. En consecuencia, las propiedades de las proteínas ancestrales pueden haber diferido sustancialmente de las de sus homólogas modernas.
Por ejemplo, si la vida primigenia prosperó en un entorno de altas temperaturas (fuentes hidrotermales, por ejemplo), cabe esperar que las proteínas más antiguas fueran muy estables. Además, a nivel molecular, la falta de especialización puede indicar que la proteína es flexible desde el punto de vista de la conformación, y que diferentes conformaciones son responsables de diferentes tareas. Estas características biomoleculares promueven la evolucionabilidad y la hipótesis de que las proteínas ancestrales deberían proporcionar excelentes andamios para la generación de enzimas completamente nuevas, un importante problema sin resolver en la ingeniería de proteínas.
Por supuesto, las proteínas ancestrales pertenecen a organismos extintos y, en sentido estricto, ya no existen. Sin embargo, pueden obtenerse aproximaciones plausibles a sus secuencias a partir de análisis filogenéticos y bioinformáticos basados en modelos sujetables de evolución de secuencias, del mismo modo que pueden reconstruirse palabras de lenguas extinguidas utilizando modelos adecuados de evolución del lenguaje. A continuación, las proteínas codificadas por las secuencias reconstruidas pueden prepararse en el laboratorio (es decir, «resucitarse») y estudiarse sus propiedades. La resurrección de proteínas ancestrales tiene la capacidad de producir propiedades biomoleculares extremas y útiles cuando se muestrea un espacio de secuencias distante. Así pues, nuestra contribución a RevoluZion consiste en «resucitar» variantes de proteínas ancestrales correspondientes a enzimas modernas con capacidad para degradar plásticos. Se espera que estas formas ancestrales presenten propiedades que faciliten su aplicación práctica en la degradación de plásticos. Además, los pliegues ancestrales deberían proporcionar andamiajes adecuados para los esfuerzos de ingeniería enzimática y evolución en laboratorio destinados a optimizar las capacidades de degradación de plásticos.